中国计算机学会青年计算机科技论坛

CCF YoungComputer Scientists & Engineers Forum

CCF YOCSEF上海

“2017年第二届人工智能与精准生物医学信息学大会”

学术报告会

时间：2017/12/20（周三） 09:00~2017/12/21（周四） 17:30

地点：上海市杨浦区邯郸路220号

复旦大学邯郸校区 光华楼东辅楼202吴文政报告厅

程  序

12月20日（周三）上午

12月20日（周三）下午

12月21日（周四）上午

12月21日（周四）下午

主办单位： CCF YOCSEF上海、浪潮集团、英特尔、上海交通大学、复旦大学、中国卫生信息学会健康医疗大数据应用评估和保障专业委员会、中国交叉科学学会、上海市数据科学重点实验室

承办单位：浪潮集团、上海交通大学、复旦大学

大会主席：

魏冬青 教授

职务：上海交通大学 生命科学技术学院 教授 博士生导师

研究方向：生物信息学，结构生物信息学，蛋白质结构构建与模拟，代谢酶多态性与代谢通路网络，计算机辅助药物设计。

个人成果：长期从事交叉科学领域的前沿研究，主要研究方向为计算计算结构生物学,开发了分子模拟与计算机辅助药物设计软件SAMM，构建了多个生物信息数据库. 最近的工作集中在个性化用药的研究, 其中CYP450 基因多态性与表型相关的工作得到广泛的关注和认可。 完成了国家863项目:“药物代谢酶SNPs与药物的类药性一体化预测软件的研究与开发”等4个国家科技部项目, 六个国家自然科学基金项目，以及2个省部级重点项目。获得第五届焦善庆 MMPH 研究奖，横山亮次研究奖等。至今发表 SCI 文章 270 多篇，主编专著12 本，这些工作为国际同行所广泛引用和正面评述，经SCI检索，已累积引用超过 6900次，最高单篇他引 370次，100次以上14篇, 70次以上25篇， 50次以上44篇,  H因子约为47。

学术兼职：Springer期刊“Interdisciplinary Sciences – Computational Life Sciences” (交叉科学 – 计算生命科学)主编，国际交叉科学家联合会主席(International Association of Scientists in The InterdisciplinaryAreas(IASIA))，中国交叉科学学会副理事长。“Molecular Simulation”,“Journal of Molecular Graphics and Modeling”, “原子分子物理学报”等12家期刊编委

组委会成员

徐沁

职务：上海交通大学生命科学技术学院，生物信息与生物统计系，及微生物代谢国家重点实验室，副研究员

研究工作经历：

2013/01–至今上海交通大学，生命科学技术学院，生物信息学与生物统计学系，副研究员

2010/11–2012/08田纳西大学/橡树岭国家实验室，分子生物物理中心，博士后

2010/01–2010/10 田纳西大学，生化、细胞与分子生物学系，博士后

学术兼职：SpringerSCI期刊“InterdisciplinarySciences – Computational Life Sciences” (交叉科学-计算生命科学)助理编委

熊毅

2014年1月起在上海交通大学生物信息学与生物统计学系任助理研究员。2006年6月获武汉大学软件工程学士学位，2011年12月获武汉大学计算机应用技术博士学位（上海交通大学联合培养），2012年1月-2013年12月美国普渡大学生物学系博士后。研究机器学习算法，及在健康医疗大数据挖掘与分析、蛋白质结构生物信息学中的应用。作为项目负责人承担了教育部留学回国人员基金、国家自然科学基金青年项目、上海市智能信息处理重点实验室开放课题，作为项目骨干参与国家重点研发计划项目。在生物信息学领域相关期刊Gastroenterology，Plant Cell, Bioinformatics, BMC Bioinformatics等发表SCI论文20余篇。

彭绍亮

2008年至今在国防科技大学计算机学院从事高性能计算、大数据、生物医学工程、移动计算等技术研究工作，并担任天河生命科学计算方向负责人，华大基因研究院“特聘教授”。2008年获国防科技大学计算机学院博士学位，2007年至2008年在香港城市大学计算机系联合培养。主持国家自然科学基金项目3项(重点1项)，国家发改委项目1项，省部级项目多项，并出版学术专著多部（一部为“十一五”国家重点图书）。已发表学术论文数十篇，其中包括NatureCommunications, Cell AJHG, Genome Biology, BMC Bioinformatics, PLOS ONE, ACM/IEEE Transactions, ISC, 《中国科学》等。曾参与天河系列超级计算机应用软件研发工作，参与国家973项目、863项目、军队重大型号项目等13项，获军队科技进步一等奖1项。是中国计算机学会理事(2016-2019)，CCF计算机应用专委会副主任，YOCSEF长沙2016-2017主席,CCF高性能计算、大数据、传感器网络专委会委员、CCF高级会员和杰出讲者、中国医药生物技术协会生物医学信息技术分会委员、中国生物医学工程学会健康分会委员、上海市数据科学重点实验室“执行委员会委员”和“数据科学家”、广东省超算学会理事、广东省计算机学会超算专委会副主任、ACM/IEEE会员。担任InterdisciplinarySciences: Computational Life Sciences（SCI期刊）副主编，Bioinformatics、TPDS、INFOCOM、JCST、《计算机学报》、《计算机研究与发展》等会议和期刊的审稿人，在国际、国内多个程序委员会担任主席、委员等职（如：PADS联合主席,IPDPS, CWSN-2012, WASA 2013, ICCCN等会议的程序委员会委员）。2014,2015年连续两次率队获得全国并行应用挑战赛金奖(人类基因组重测序软件流水线深度并行优化,天河2号上一种大规模虚拟药物筛选平台)，目前申请软件著作权15项，专利15项。

魏冬青课题组成员

博士生：王艳菁，李芳，张会圆，关晓青，黄娟，王伟，李成栋，褚晏伊，AsmaSindhoo，MahammadJunaid

硕士生：侯爽，白礼月，李振华，王乾坤，瞿思颖，张育芳，王宪赓，Ali Arif，AbbasKhan，Aamir Mehmood

博士后：黄然，GurudeebanSelvaraj，Satyavani Kaliamurthi，AmanChandra Kaushik

浪潮集团成员

郭强、张军霞、韩天皓、林俊涵、王志星、董思慧

简介

从社会发展来看，我们正经历一个重大的时代变革，大数据时代的信息风暴正在变革我们的生活、工作和思维，也深刻影响着生物医学研究领域的发展。

当前，精准医疗、生命科学被正式纳入“十三五”规划纲要中支持的战略性新兴产业。精准生物医学时代的到来，给予研究者们更多的机遇与挑战。极速崛起的人工智能和数据挖掘等技术应用于生物医学领域，不仅推动我国的精准医学事业，还将影响未来的医疗模式；此外，运用具有高性能运算的计算机搭建优质高效的医学信息网络平台也是发展的重中之重。

2016年首次大会的盛况，让我们看到众多科研工作者们对精准生物医学研究领域的热情与期盼。2017年，第二届大会盛大开幕，我们将继续汇聚国内优秀专家、学者和产业界优秀人才，围绕大数据与精准医学的核心问题展开深入交流与讨论。

内容涉及个性化医疗与个体用药，药物基因组学，复杂疾病的遗传学机制，肿瘤分型与精准治疗，影像数据的高效利用，“精准医疗”的IT系统，基因测序海量数据的有效利用，云计算以及最新的人工智能应用等；意为我国的生物医学科研工作者打造最前沿的交流平台。

演讲嘉宾

复杂生物过程的临界检测理论和方法

陈洛南

中国科学院上海生命科学研究院

Email: lnchen@sibs.ac.cn

摘要

众多的证据表明，许多复杂生物过程存在一种普遍临界现象，即由一个相对稳定状态，经过一个临界点后在很短的时间内快速地进入另一个稳定状态。如许多复杂疾病的恶性转化就是这样的一种普遍现象，即病情在很短的时间内从正常状态（包括健康状态、相对稳定状态或疾病的缓慢变化状态），经过一个临界点或关键节点快速进入疾病状态（包括疾病恶化状态）。为了探测这种突变现象及其关键因子，我们提出了动态网络标志物（dynamic network biomarker, DNB），即利用高通量生物数据的动态性质来预测复杂疾病或复杂生物过程临界突变现象及其关键因子的概念和理论。不同于传统的、主要用于检测疾病状态的分子生物标志物，DNB是一种全新的、用于探测疾病突变前临界信号的生物标志物，即检测“前疾病状态”而不是“疾病状态”或“疾病早期状态”。DNB具有诸多的优点特征：首先，不需要建立任何模型，是一个model-free的方法；第二，DNB可以在小样本条件下获得疾病突变前的预警信号；第三，DNB是突破稳定状态首先进入疾病状态的主导分子群或生物分子的子网络，即为疾病的主导分子群或关键网络而不是疾病所影响的分子群，因此具有非常重要的生物学意义。我们进一步成功地应用DNB到肺损伤及癌症的前疾病状态和关键因子群的检测。

个人简介

中国科学院上海生命科学研究院系统生物学重点实验室研究员。中国运筹学会《计算系统生物学分会》理事长，IEEE-SMC《系统生物学委员会》主席，中国细胞生物学会《功能基因组学与系统生物学分会》副会长，中国药理学会《网络药理学专业委员会》副主任委员。国家基金委重大研究计划专家组，中科院特聘研究员，国务院特殊津贴，国家重点研发计划重点专项首席科学家。近年，在计算系统生物学和复杂疾病研究领域发表了300篇以上SCI期刊论文及10部以上专著及编著书籍(h-index:52;i10-index:221)，被引12000 余次，开发生物网络30余软件。

研究领域

生物信息学，计算系统生物学，网络生物学，非线性动力学

彭绍亮  

报告题目：医疗大数据驱动下的人工智能医生

机器人也能看病？基于国家超级计算长沙中心的天河超级计算机和医疗大数据研发的辅助诊疗机器人已经初具雏形，堪称大数据、超级计算和人工智能技术在医疗诊断中的完美应用案例。2015年Gartner等调查报告：“14亿人口的国家，每千人医生1.75，每千人农业人口的医生数只有0.47，误诊率高于40%”。医疗资源的严重缺乏和误诊率的不断攀升造成国家和人民巨额医疗、医保开销、医患矛盾不断加剧。如何解决这些尖锐矛盾，全面提高全民健康水平。“大超人”经过多年的技术储备、研发和测试横空出世。

什么是“大超人”：医疗大数据+天河超级计算机+人工智能算法。

大超人包括“智能分导诊机器人”、“临床诊断辅助决策机器人”、“健康体检和巡房机器人”3大系统，从“诊前”、“诊中”、“诊后”3个阶段全力支持和辅助医生进行全方位的智能诊疗。大超人初期的研发和测试都基于天河超级计算机和上千万份医疗大数据，采用机器学习人工智能算法，研发了更符合医学逻辑的VQ/RBF/BP混合算法平台，在诊断中学习，在学习中诊断。该系统目前已于2016年在第四军医大学附属西京医院、上海华山医院、浙江省中医院、微医和金蝶集团进行了部署、测试、试运行。挂号准确率达9成以上，诊疗速度比人工快2-10倍，误诊率下降20%以上。

中文简历:

彭绍亮,教授,博导，在国防科技大学计算机学院从事高性能计算、大数据、生物信息、移动计算等技术研究工作，并担任“天河”生命科学方向负责人，国家超级计算长沙中心副主任，华大基因研究院“特聘教授”，湖南大学岳麓学者特聘教授。已发表学术论文数十篇，其中包括Science, Nature Communications, Cell AJHG, Genome Biology, NAR,Cancer Research, ACM/IEEE Transactions, BIBM, 《中国科学》等。曾参与天河系列超级计算机应用软件研发工作，参与国家973项目、863项目、军队重大型号项目等13项，获军队科技进步一等奖1项,2016年荣立三等功。是中央军委科技委生物交叉立项专家组成员、国家科技专家库专家、中国计算机学会理事(2016-2019)，CCF计算机应用专委会副主任和生物信息专业组副主任，YOCSEF长沙主席（2016-2017）和总部AC委员（2017-）, CCF高性能计算、大数据专委委员、CCF高级会员和杰出讲者、担任多个国际期刊主编和副主编，包括InternationalJournal of Biological Sciences (SCI期刊,2013 IF=4.37) 执行主编(Executive Editors),Interdisciplinary Sciences: Computational LifeSciences（计算生命科学-SCI期刊）国际期刊副主编(AssociateEditor)等。2014,2015年连续两次率队获得全国并行应用挑战赛金奖第一名(人类基因组重测序软件流水线深度并行优化,天河2号上一种大规模虚拟药物筛选平台)，和IEEE International Scalable Computing Challenge 2015,2017、国际iGEM竞赛 2015,2016金牌等国际竞赛奖。目前单篇论文最高他引1179次。还担任了湖南省生物信息学会理事长、CCF 2016大数据技术大会程序委员会主席、CCF大数据学术大会程序委员会副主席、2017第四届全国计算生物学学术会议大会主席、2017第二届中国计算机学会生物信息学会议程序委员会主席、2019 第17届APBC亚太地区生物信息会议程序委员会主席。

范式演变：个性化健康和系统健康管理

沈百荣，苏州大学

Email: bairong.shen@suda.edu.cn

摘要

近年来，来自可穿戴式传感器和智能手机的生理数据正在迅速积累，这为我们收集动态的和个性化的信息作为表型、整合到基因型以全面了解复杂疾病提供了机会。这种整合可以应用于疾病的早期预测和预防，从而促进疾病治疗到健康管理的范式转变。我们将总结可穿戴式传感器检测到的生理信号、生理大数据的共享；疾病相关模式的挖掘方法以及它们在个性化诊断和治疗中的应用。我们将讨论生理信息学在可穿戴式传感器和智能手机的生理数据的存储、标准化、分析和应用的挑战。最后对研究和应用“生理表型-疾病早期预测”之间的复杂关系进行展望。

个人简介

沈百荣：1997年复旦大学化学系博士毕业留校、1999年任副教授；2004年任芬兰坦佩雷大学生物信息学助理教授、2006年任同济大学生物信息学教授、博士生导师。2008年回苏州大学并建立系统生物学研究中心。现兼任美国西雅图系统生物学研究所教授、HVP中国区工作委员会副主任、基金委项目终审专家、BMC Medical Informatics and Decision Making卫生保健信息系统方向的编委等。2012年以来在国际上倡导转化生物医学信息学，是国际转化生物医学信息学(ICTBI)系列会议的创始主席。2008年回国以来主持国家项目6个，发表学术论文60多篇， 著作5本，培养博士和硕士研究生40多人。

研究领域： 生物医学信息学，计算系统生物学、转化医学信息学、健康大数据等。

Networkand machine learning algorithms in Bioinformatics research

陈兴

中国矿业大学

Email:xingchen@cumt.edu.cn

摘要

The following effective computationalmodels developed by Chen Group will be introduced: 1) PBMDA (PLOS ComputationalBiology, 2017, 13(3): e1005455, cited 13 times); 2) LRLSLDA (Bioinformatics,2013,29(20):2617-2624, cited 70 times); 3) KATZHMDA (Bioinformatics, 2017,33(5):733-739); 4) NRWRH (Molecular BioSystems,2012,8(7):1970-1978, cited 161times); 5) NLLSS (PLOS Computational Biology, 2016,12(7): e1004975, cited 22times).

个人简介

陈兴，中国矿业大学信息与控制工程学院教授，博士生导师，中国矿业大学生物信息研究所所长，中国矿业大学首批越崎学者，江苏省第十四批“六大人才高峰”高层次人才，中国工业与应用数学学会数学生命科学专业委员会秘书长，辽宁省生物大分子计算模拟与信息处理工程技术研究中心专家委员会副主任，江苏省生物信息学专业委员会委员。担任40家国际主流杂志的副主编、编委、首席特约编委和审稿人，特别是担任中科院二区杂志BMCSystems Biology副主编、中科院二区杂志Scientific Reports编委、SCI 杂志Current Protein & Peptide Science编委以及中科院二区杂志Frontiers in Microbiology、中科院二区杂志CurrentMedicinal Chemistry、JCR二区杂志CurrentTopics in Medicinal Chemistry等六家SCI杂志首席特约编委。在中科院一区期刊Nucleic Acids Research、Bioinformatics、Plos Computational Biology、Briefings inBioinformatics等国际期刊发表论文74篇（SCI论文69篇，影响因子累计超过300），其中一作35篇, 通讯54篇。以一作或通讯分别发表中科院一区、二区以上、JCR一区论文21篇、39篇和41篇。论文被Nature Reviews Genetics、Nature Chemistry、Nature ReviewsEndocrinology等国际著名杂志引用共计1479次，5篇论文入选ESI高被引论文，H-因子为21，单篇最高引用次数为311，曾获教育部高等学校科学研究优秀成果奖二等奖、中国矿业大学越崎学者、国际网络博弈论大会最佳论文奖、第七届图论与组合算法国际研讨会青年论文奖、第四届世界华人数学家大会新世界数学奖等荣誉，主持或以骨干身份参与国家自然科学基金重大研究计划、重点基金、面上项目、青年基金、数学天元基金等15项重要项目。担任七家国际会议程序委员会成员和《2012－2013运筹学学科发展报告》编写组成员。

研究领域

生物信息学，计算生物学，非编码RNA，网络药理学

CCF YOCSEF简介

中国计算机学会青年计算机科技论坛（CCF YoungComputer Scientists & Engineers Forum，简称CCF YOCSEF）是由中国计算机学会1998年创建的系列性学术活动组织。创建十六年来，不少知名学者、企业家从这里走出，如中国工程院院士陈左宁和张尧学、中国科学院院士怀进鹏、中科院计算所总工徐志伟、南京大学副校长吕建、浙江大学校长吴朝晖、新浪原总裁王志东、闪联总裁孙育宁、联想研究院首席研究员侯紫峰、科泰世纪董事长陈榕等。CCF YOCSEF还为有社会责任感、和公益心的企业提供展示企业形象的机会，会专业媒体提供鲜活的素材。CCF YOCSEF的活动主要形式是论坛和学术报告会。此外，还有学术评价、评奖、扶贫助教等。专题论坛针对IT业界和社会热点问题展开思辩，向全社会发出声音。学术报告会则是把最新学术思想和技术动态向业界传播。CCF YOCSEF的责任感表现在对国家大事、宏观政策、教育、科研、产业、应用的关注，并积极推动变革。

CCF YOCSEF上海网站：http://www.yocsef.org.cn/sites/yocweb/flt_sh.jsp。

承办单位

浪潮集团

浪潮集团是中国领先的云计算、大数据服务商，旗下拥有浪潮信息、浪潮软件、浪潮国际、华光光电四家上市公司，业务涵盖云数据中心、云服务大数据、智慧城市、智慧企业四大产业群组，形成了涵盖IaaS、PaaS、SaaS三个层面的整体解决方案服务能力。

凭借浪潮高端服务器、海量存储、云操作系统、信息安全技术为客户打造领先的云计算基础架构平台，基于浪潮政务、企业、行业信息化软件、终端产品和解决方案，全面支撑政府、企业和行业云建设，已为全球一百多个国家和地区提供IT产品和服务。

浪潮综合实力位列中国IT企业前两位、中国自主品牌软件厂商第一位，浪潮服务器销量全球第四、中国第一，浪潮存储连续13年蝉联国有品牌销量第一，浪潮集团管理软件连续14年市场占有率第一，浪潮云在中国政务市场占有率第一，浪潮天元大数据综合实力排名首位。浪潮是全国八家国家安全可靠计算机信息系统集成重点企业之一，自主研发的中国第一款关键应用主机浪潮K1使中国成为继美日之后第三个掌握高端服务器核心技术的国家，并荣获2014年度国家科技进步一等奖。

作为中国最早的IT品牌之一，浪潮70多年来，始终致力于成为先进的信息科技产品和领先的解决方案和运营服务商，引领信息科技浪潮，推动社会文明进步。

上海财经大学信息管理与工程学院是我国高校中最早建立信息管理专业的院系之一，学院前身是成立于1982年初的经济信息管理系，2005年撤系建院。经过历届师生与几任领导的共同努力，学院已经形成了“信息与管理科学交叉、相互引领”的学科特色，在大数据应用、互联网金融、量化决策、电子商务、IT应用、管理优化等领域中具有独特的教学科研特色。学院师资力量雄厚，截止2017年6月，共有72名教职工，59名专任教师中教授14人，副教授25人，具有博士学位的教师比例为86%，获得境外学位的教师比例为31%。学院现有国家“千人计划”教授2人，上海市“千人计划”教授4人、“东方学者”1人，另有来自斯坦福大学、华盛顿大学、弗吉尼亚理工大学等海外名校的特聘教授和流动岗教授20余名。自2013年起学院相继设立中英金融信息服务工程联合研究中心、管理科学与量化分析研究中心、理论计算机科学研究中心、交叉科学研究院。与斯坦福大学FARM研究所联合，成立了LEAVES优化并行国际实验室。2015-2017年间，云集国际一流名校的-学者，开设全英文国际暑期课程50门次，形成良好口碑，文汇报、“新华网”等多家媒体报道、转载。

网站：http://www.inspur.com/

参加人员：高校学术专家、人工智能/精准医疗IT信息从业者、互联网技术人员、国内优秀专家、学者和产业界优秀人才等相关行业

报名方式：

1、支持在线报名：http://event.31huiyi.com/893776222 或扫描二维码即可报名。

交通：

校内地图

备注：

嘉宾就餐地点：复旦大学（邯郸校区）旦苑餐厅三楼

嘉宾会议地点：复旦大学（邯郸校区）（光华楼东辅楼202吴文政报告厅）

交通指引

上海虹桥机场——复旦大学（邯郸校区）光华楼：

• 地铁（约59min）：地铁10号线虹桥火车站方向(虹桥1号航站楼站上，国权路站下，地铁4号口出，21站)，下车步行或者骑行约1500米

• 公交（约1.8h）：地铁2号线广兰路方向(虹桥1号航站楼站上，中山公园站下，5站)，站内换乘地铁3号线，步行约187米，换地铁3号线江杨北路方向(大柏树1口出，10站)，换K133;K59;K966路，国顺东路沙岗路方向；汶水东路广纪路上，复旦大学站下，3站)，下车向前方步行100米

• 打的（全程26.8公里约56min）：费用约99元

上海浦东国际机场——复旦大学（邯郸校区）光华楼：

• 公交（约2h）：机场四线(浦东机场一号航站楼（始发站），邯郸路运光路站，4站)，下车向西步行约700米

• 地铁（约1.5h）：步行386米至地铁2号线东延伸段（广兰路方向）(浦东国际机场站上，广兰路站下，8站)，站内换乘地铁2号线徐泾东方向(广兰路站上，南京东路站下，9站)，站内换乘地铁8号线（步行约243米）新江湾城方向(南京东路站上，国权路站下4出口，7站)，下车步行或者骑行1500米

• 打的（全程39.3公里约45min）：费用约138元

上海虹桥火车站——复旦大学（邯郸校区）光华楼：

• 地铁（约58min）：地铁10号线新江湾城方向(虹桥火车站上，国权路站下)，(国权路4口出，22站)，下车向北500米

• 打的（全程28.5公里约57min）：费用约99元

上海火车站——复旦大学（邯郸校区）光华楼：

• 公交（约51min）：966路开往市光新村方向(恒丰路天天目西路（上海火车站）上，邯郸路运光路下，11站)，下车向北步行约216米

• 地铁（约36min）：地铁4号线宝山路方向(上海火车站2号口上，海伦路下，2站)，站内换乘步行约190米，换地铁10号线新江湾城方向(国权路4口出，4站)出地铁站步行约677米

• 打的（全程9.9公里约22min）：费用约32元

上海南火车站——复旦大学（邯郸校区）光华楼：

• 公交（约1.4h）：144路(上海南站(南广场)上，中山南二路大木桥路站下，10站)，下车步行100米，换成K933开放辉河路中山北二路方向（路中山南二路大木桥路站上辉河路中山北二路下，16站），下车向北步行706米

• 地铁（约59min）：地铁1号线富锦路方向(上海南站上，陕西南路站下，6站)，站内换乘步行约535米，换地铁10号线新江湾城方向(国权路4口出，11站)出地铁站步行约666米

• 打的（全程23.6公里约49min）：费用约81元

联系人：

林俊涵手机：13122358661邮箱：linjh@inspur.com

王艳菁手机：15001987902邮箱：tangtangfeiwu@qq.com

董思慧手机：13916173060邮箱：dongsh@inspur.com